新疆青年科技獎設立于2002年，由自治區黨委組織部、自治區人力資源和社會保障廳、共青團新疆維吾爾自治區委員會、自治區科學技術協會共同組織實施，自治區科協具體承辦，評獎委員會辦公室設在自治區科協學會學術部（國際部）。重點獎勵為自治區經濟建設、社會發展和科技進步做出突出貢獻的40周歲以下（女性45周歲以下）的優秀青年科技工作者。新疆青年科技獎每兩年評選一屆，每屆授獎不超過20名。截止目前已組織實施了十一屆評選，共評選218名新疆青年科技獎獲得者。